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YANAI TAX OFFICE ・ CHIGASAKI / SHONAN
税務 （更新：2026.07.31）

電子帳簿保存法、中小企業がやることは3つ──freeeで足りる部分と足りない部分

#電子帳簿保存法#証憑#freee#業務フロー

メールで届いた請求書PDF、ECサイトでダウンロードした領収書を、どう保存すればよいのか。中小法人・個人事業者の方に向けて、やるべきことを3つに絞って整理します。結論は「電子で受け取ったものを、電子のまま残し、あとから示せる状態にしておく」です。ただしどこまでの作業が必要かは、会社の売上規模と事情で変わります。多くの中小事業者は、検索機能を作り込む必要がありません。

対応が必要なのは3制度のうち1つだけ

電子帳簿保存法には3つの区分があり、義務なのは「電子取引データ保存」だけです。ここを分けずに読むと、必要のない作業まで抱え込むことになります。

区分内容対応の位置づけ
①電子帳簿等保存（法4条1項・2項）自社が作る帳簿・決算書類をデータで保存する希望する場合のみ
②スキャナ保存（法4条3項）紙で受け取った請求書・領収書をスキャンしてデータで保存する希望する場合のみ
③電子取引データ保存（法7条）メール・EC・クラウドサービスで受け取った（送った）データを保存する法人・個人事業者は対応が必要

つまり、紙で受け取った領収書をスキャンして原本を捨てる運用は、義務ではありません。②は任意の制度で、要件（解像度200dpi以上、カラー、入力期間の制限、帳簿との相互関連性など）を満たさずにスキャンして紙を廃棄すると、書類そのものの保存義務違反になります。紙は紙で保管したままでも差し支えありません。

①②が任意なのは「データだけで保存する方法を選ぶかどうか」という意味で、帳簿や紙の書類そのものの保存義務が消えるわけではありません。なお、法7条の義務は所得税（源泉徴収に係る所得税を除く）と法人税に係る保存義務者に課されるもので、消費税は扱いが違います（後述）。

自社がやることは3つの質問で決まる

要件の一覧を眺める前に、この3問に答えると作業量が決まります。

質問答えやること
Q1 メール・EC・クラウドサービス・EDI・電子契約で、請求書・領収書・契約書・注文書などの取引情報を受け取ったり、送ったりしているかいいえ（受け取りも交付もすべて紙）③の対象データがないか、経路をもう一度洗い出す
はいQ2へ（データを削除しないことが最優先）
Q2 基準期間の売上高は5,000万円以下か（個人は前々年、法人は前々事業年度）はい税務調査でデータのダウンロードの求めに応じられるようにしておけば、検索機能の確保は不要
いいえ出力書面を日付・取引先ごとに整理して提示・提出でき、ダウンロードの求めにも応じられるなら、売上高にかかわらず検索機能は不要。どちらにも当たらない場合は検索機能が必要（ダウンロードの求めに応じるなら、範囲指定と項目の組合せは不要）
Q3 要件どおりの保存が間に合わない事情があるかはい猶予措置を検討。所轄税務署長が相当の理由があると認め、データと出力書面の提示・提出に応じられる場合に、保存時の要件を問われないという措置です
いいえ原則どおりの保存へ

Q2で免除されるのは法令上の検索機能であって、データの管理そのものではありません。保存場所・担当者・取り出し方が分からない状態では、ダウンロードの求めに応じられません（緩和は令和6年1月1日以後の電子取引に適用。それ以前は1,000万円）。

Q3の猶予措置は事前の届出が不要で、国税庁のリーフレットは「人手不足」「システム整備の資金不足」「システム整備が間に合わない」なども相当の理由として認められる、と明記しています。ただし会社が自分で適用を確定できる制度ではなく、税務署長が相当の理由があると認めることが前提です。恒久的な代替策として当てにせず、①データは必ず保存する（出力書面だけを保存してデータを消すことは認められません）②ダウンロードの求めと整然とした出力書面の提示・提出に応じられる状態にする③未対応の理由と改善の経過を記録に残す──この3点は押さえておきたいところです。

要件は「真実性」と「可視性」の2つ

国税庁の整理は2分類で、検索機能は可視性の中に含まれます。3つ並列で覚えると、どれを選べるのかが見えなくなります。

要件内容
真実性の確保次の4つのうちいずれか（規則4条1項）
①タイムスタンプが付されたデータを受け取る
②受け取った後、速やかに自社でタイムスタンプを付す
③訂正削除の記録が残る、または訂正削除ができないシステムで授受と保存を行う
④正当な理由がない訂正・削除の防止に関する事務処理規程を定め、運用し、備え付ける
可視性の確保①ディスプレイ・プリンタ等を備え付け、整然とした形式・明瞭な状態で速やかに出力できること
②検索機能（イ 取引年月日・取引金額・取引先／ロ 日付・金額の範囲指定／ハ 2以上の項目の組合せ）
※ダウンロードの求めに応じるならロ・ハは不要。売上高5,000万円以下等の場合はイも不要

真実性の4措置は任意に選べます。一問一答（問32）は「これらの措置は保存義務者の任意により自由に選択することが可能」とし、受け取り方に応じた使い分けも認めています。タイムスタンプが原則で規程が例外、という上下関係はありません。なお④は「規程を作った」だけでは足りず、規程に沿った運用と備付けまでが要件です。

メール受領分は、freeeへ入れるだけでは改ざん防止措置になりません

ここが、この記事でいちばんお伝えしたい点です。

freeeのファイルボックスは、アップロードしたファイルの訂正・削除履歴が自動で保存される仕組みを持ち、freee会計は令和5年改正法令基準のJIIMA認証を取得しています。freeeのヘルプにも「ファイルボックス上の帳票データは変更履歴が管理されるため、タイムスタンプなしで電子帳簿保存法の要件を満たします」と案内があります。ただしJIIMA認証は製品の機能が法的要件に対応していることを示すもので、利用する会社の運用全体を認証するものではありません。

そして、上の表の③（訂正削除の記録が残るシステム）は、そのシステム内で「授受」も行っている場合の措置です。規則4条1項3号は「当該取引情報の授受及び当該電磁的記録の保存を行うこと」と規定しています。メールで受け取ったPDFやECサイトからダウンロードした領収書を、あとからファイルボックスへアップロードする運用は、授受がシステムの外で行われているため③には当たりません。

国税庁の一問一答（電子取引関係）問43が、この点を正面から示しています。

訂正・削除の記録が残るなどの一定のシステムを使用することによって改ざん防止のための措置を講じていることとするためには、保存だけではなく、データの授受も当該システム内で行う必要がありますので、改ざん防止のための措置を講じていることとはなりません。別途、不当な訂正・削除を防止するための事務処理規程を定めて備付け、定めた規程に沿って運用するなどの方法によって改ざん防止のための措置を講じることが必要です。

①②のタイムスタンプを選ぶ道は残っていますが実務上は選びにくいため、メールでの受け取りが主体の会社では④の事務処理規程が実質的な既定解になります。freeeへの保存が無駄になるわけではなく、可視性（検索・出力）の面では確かに効きます。

受け取り方使える真実性の措置
EDI・クラウド請求書サービス上で授受し、そのまま同サービスで保存③（授受と保存が同一システム内）
メール添付・ECサイトからのダウンロード → freeeやストレージへ保存④の事務処理規程（①②を選ぶなら別途タイムスタンプ）

受け取り方が混在していても構いません。問32は、データの様態に応じて複数の改ざん防止措置を使い分けることを認めています。ただ、規程は社内で1本用意しておくほうが運用は楽です。なお改ざん防止措置は、各税法で定められた保存期間を通じて講じ続ける必要があります。

ツールなしで満たせる最小構成

国税庁は、特別なソフトを使わない保存方法を一問一答（問19）で示しています。追加コストのかからない構成はこちらが出発点です。

  1. ファイル名に規則性をもたせる：例として「2026年3月31日に株式会社霞商店から受領した110,000円の請求書」であれば 20260331_㈱霞商店_110000 とする（国税庁の例示そのままの形式です）
  2. 取引先ごと・月ごとなど任意のフォルダに格納する
  3. 事務処理規程を定めて備え付け、規程に沿って運用する
  4. 税務調査でダウンロードの求めがあれば、そのデータを提出できる状態にしておく

4は「画面で見られる」だけでは足りません。担当者の退職でメールボックスごと消える、ECサイトの閲覧期限が過ぎる、クラウドサービスを解約して取り出せなくなる、パスワードが分からなくなる──実務で起きる事故はほぼこの4つなので、定期的なエクスポートを運用に組み込んでおくと安全です。1の代わりに表計算ソフトで索引簿（連番・日付・金額・取引先・備考）を作る方法も認められており、基準期間の売上高が5,000万円以下なら1自体が不要です。

保存場所は社内サーバでもクラウドストレージでも、納税地の端末から画面と書面に速やかに出力できるなら海外のサーバでも構いません。ただし問32は合理的な理由なく保存先を散逸させ、速やかに出力できない状態は認められないとも述べています。「どの取引先のデータがどこにあるか」が分かる形にしておくのが要点です。

freeeを使うと何が変わるか

そのうえで、freeeのファイルボックスに寄せると次の点が変わります。証憑の保存と記帳が同じ場所に集まるため、月次決算を数営業日で締める運用や締めた試算表を読む工程とはつながりが良い構成です。

  • タイムスタンプサービスを契約する必要はありません。freee自身のタイムスタンプ付与機能は2022年1月17日に提供を終了し、変更履歴の管理に置き換わっています。事務処理規程で④の措置を採るなら外部のタイムスタンプは不要です（freeeに入れれば改ざん防止措置が完了する、という意味ではありません）
  • 検索は「発行元・発行日・金額」で行い、他項目との組合せ・日付や金額の範囲指定にも対応します。上の表のイ・ロ・ハに対応できる作りです。画面上の項目名が法令用語と違う点だけ、社内案内のときに補ってください
  • 契約書PDFも保存できます。クラウドストレージが必要になるのは、対応形式（画像・PDF・Excel・Word・CSV）以外のファイルや月間容量の上限に当たる場合です。なお、ヘルプに出てくる「重要書類」「一般書類」の区分は主に紙のスキャナ保存の分類なので、電子で受け取ったデータの要件とは分けて考えてください
  • アップロード後に登録情報を変更できるのは保存日から70日というfreee側の制限があります。法令上の「70日以内にアップロードする義務」ではなくスキャナ保存の入力期間に合わせた製品仕様ですが、あとから発行元や金額を直せなくなるため入力は溜めないほうが安全です

freeeの画面構成やメニュー名、プラン別の上限は改訂され得るため、操作は最新の画面でご確認ください。特に容量上限・経費精算の可否は契約プランで変わります。

事務処理規程は作って終わりではない

国税庁が規程のひな形（Word）と索引簿の作成例（Excel）を公開しています。法人用は全10条で、通達7-7が求める3点（訂正削除の原則禁止／訂正削除を行う場合の手続と記録／管理責任者と処理責任者の明確化）を満たす構成です。

要件は「定めること」ではなく「定め、運用し、備え付けること」です。規程に「訂正削除の記録を残す」と書いたのに記録していなければ、措置を講じたことになりません。実質的な判断が要るのは第4条（電子取引の範囲）と第5条（保存年数）の2か所で、第4条にはインターネットバンキングの振込も含まれます。ひな形の埋め方と、運用に必要な申請書・完了報告書の実務は電子取引の事務処理規程──国税庁ひな形の埋め方で扱っています。

要件を満たせないとどうなるか

過度に不安を持つ必要はありませんが、軽く見るのも危険なので、国税庁の説明のまま記しておきます。

  • 青色申告の承認：災害等やむを得ない事情も税務署長が認める相当の理由もなく要件に従って保存されていない場合は「取消対象となり得ます」。ただし一問一答（問98）は「直ちに必ず行われるものではなく」、事務運営指針に基づき「真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうかを検討した上で行う」としています
  • 重加算税：電子取引データに記録された事項について隠蔽・仮装があり、それに基づく期限後申告・修正申告・更正等があった場合、重加算税の額にその基礎となるべき税額の10%相当額が加算されます（法8条5項）。保存要件を満たさなかったこと自体で加算されるものではありません
  • 保存できていなかった場合：そのデータや出力書面は電帳法上の適正な保存としては扱われません。ただし申告内容の適正性は追加的な説明・資料提出・取引先情報などを総合勘案して確認されるとされており、保存の不備だけで直ちに経費性が否定されるわけではありません。原因をまとめて再発防止策を講じておくことが望まれる、とも記載されています

よくある詰まりどころ

  • どの紙なら捨ててよいのか：3つに分けます。①最初から紙で受け取った原本は、スキャナ保存の要件を満たさない限り廃棄しない ②電子データを社内用に印刷したものは原本ではないので、データを適法に保存しているなら残すことが必須とは限らない ③紙と電子の両方を取引先から受け取ったものは、内容が同一で書面を正本として扱うことをあらかじめ取り決めているなら書面の保存で足ります（電子側に正本を補完する情報があれば両方必要・問16）。禁止されているのは「紙にすること」ではなく「データを消すこと」で、印刷して社内で回覧するのは差し支えありません（問31）
  • 消費税は扱いが違います：所得税・法人税ではデータの保存が必須で書面出力による代替はできませんが、消費税法令上保存すべき電子データ（電子インボイス等）は、書面に出力して保存することも引き続き認められています（問29）。仕入税額控除のための適格請求書等の保存要件は別に確認してください（インボイス経過措置の割合と実務対応）
  • カード連携は証憑の保存ではありません：取り込まれた利用明細は、通常、店舗等が発行した領収書・請求書の代わりにはなりません。一方でカード会社から電子的に交付された利用明細そのものも電子取引データに当たり得るため、その保存の要否も確認が必要です
  • 「全員が全部freeeへ」が回らない：法令上、1つのシステムに集約する必要はありません（問32）。まずは電子で受け取る（送る）窓口──代表メール、各担当者のメール、EC、電子契約、カード会社、クラウド請求書──を一覧にし、どの経路をどこに保存するかを決めます。個人のメールボックスや各自のPCにだけ残す運用は、担当者が変わると取り出せなくなるので避けたいところです

この記事の要点

  • 義務なのは電子取引データ保存（法7条）だけ。受け取ったデータに加え自社が送ったデータも対象。紙をスキャンして捨てる運用（スキャナ保存）は任意で、要件を満たさず原本を廃棄すると保存義務違反になる
  • 基準期間（個人は前々年、法人は前々事業年度）の売上高が5,000万円以下なら、ダウンロードの求めに応じられることを前提に検索機能の確保は不要。超えていても出力書面を日付・取引先ごとに整理できるなら不要になる類型がある
  • メールやECで受け取ったデータを後からアップロードする運用では、「訂正削除履歴が残るシステム」は改ざん防止措置にならない（問43）。freeeに保存していても別途事務処理規程の策定・運用・備付けが必要。国税庁がひな形を公開している
  • 間に合わない場合は猶予措置（規則4条3項）。事前届出は不要だが税務署長が認めることが前提で、恒久的な代替策ではない。データ保存とダウンロード・出力書面への対応は必要
  • 消費税法令上保存すべき電子データは書面出力による保存も引き続き可（問29）。青色申告の承認は「取消対象となり得る」が、事務運営指針で総合勘案される

出典

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