2026年10月、インボイス経過措置は「50%」ではなく「70%」── 2年延長と1億円ルールを買い手側がfreeeでどう対応するか

免税事業者からの仕入を抱える買い手の経営者・経理担当へ。「2026年10月から控除は50%」という情報は誤りで、正しくは80%→70%への引下げと2年延長です。本記事では正しい時系列、新たに加わった「年1億円超は経過措置対象外」ルール、freee会計での税区分切替の考え方、そして経常利益への影響額の試算手順までを整理します。

「2026年10月から50%」は誤解 ── まず正しい時系列を3分で

ネットや一部記事で「2026年10月から免税事業者の仕入は控除50%」という情報を目にした方も多いと思います。結論から言うと、これは古い前提に基づく誤解です。

令和8年度税制改正で、免税事業者等からの課税仕入れに係る経過措置（仕入税額控除を一定割合認める措置）は適用期限が2年延長され、控除割合のスケジュールも組み替えられました。正しい時系列は次のとおりです。

期間	控除割合
令和5年10月1日〜令和8年9月30日	80%
令和8年10月1日〜令和10年9月30日	70%
令和10年10月1日〜令和12年9月30日	50%
令和12年10月1日〜令和13年9月30日	30%
令和13年10月1日以降	控除不可（0%）

ポイントは2つです。第一に、2026年（令和8年）10月からは**50%ではなく70%**です。50%へ下がるのは2028年（令和10年）10月からで、2年先の話です。第二に、80%から一気に50%へ落ちるのではなく、70%→50%→30%と段階的に縮小し、完全廃止は2031年（令和13年）10月以降です（出典：国税庁インボイス制度の見直し）。

「もっと負担が増えると身構えていた」方にとっては緩和ですが、それでも80%→70%への10ポイントの引下げは、外注比率の高い会社では確実に効いてきます。

なぜ巷で「50%」と言われたのか。改正前の制度では2026年（令和8年）10月から控除割合が一気に50%へ下がり、令和11年9月で経過措置が終了する予定でした。令和8年度改正でこれが見直され、改正後は2026年10月から70%・段階縮小・2年延長に変わったため、改正前の前提で書かれた古い情報が「50%」として残っているのが誤解の正体です。

なお、この経過措置は本則課税（一般課税）で消費税を計算する事業者の論点です。簡易課税・2割特例・3割特例（少額特例とは別物）を適用している事業者は、そもそも実際の仕入から控除税額を計算しないため、この経過措置の論点は生じません。自社がどの計算方法かを先に確認してください。

新ルール「年1億円超の課税仕入れは経過措置対象外」の読み方

今回の見直しでもう一つ押さえるべきなのが、規模の大きな仕入には経過措置を使わせないという新たな線引きです。

国税庁の解説では、「一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込み）が、その年又は事業年度で1億円を超える場合には、その超えた部分の課税仕入れについて（経過措置を）適用できません」とされています（出典：国税庁インボイス制度の見直し）。読み解くと次のようになります。

判定単位は「一の者」ごと。インボイスを発行しない（適格請求書発行事業者の登録を受けていない）取引先について、相手1者ごとに年間の課税仕入れを合計します。対象は免税事業者に限らず、未登録の課税事業者なども含みます。
判定は税込み。税抜きではなく税込金額で1億円を超えるかを見ます。
超えた「部分」だけが対象外。1億円までの部分は、その取引時期に応じた経過措置割合（令和8年10月〜令和10年9月の取引なら70%、以降は50%→30%）で控除できます。1億円を超えた部分にだけ経過措置が使えず、その部分は控除できません。
適用は令和8年10月1日以後に開始する課税期間から。決算月によって実際の適用開始時期がずれる点に注意が必要です。

ここで2つの「ものさし」が混在しないよう切り分けておきます。1億円の判定は課税期間（年・事業年度）単位で累計するのに対し、控除割合（70%か50%か等）は個々の取引日基準で決まります。たとえば3月決算の会社で課税期間の途中（10月）に割合が80%→70%へ変わっても、1億円の累計判定は課税期間を通して行う、という関係です。

1社あたり年1億円というのは、多くの中小法人にとっては届かない水準かもしれません。ただし、特定の免税事業者へ外注が集中している会社（建設の専属職人、特定の個人クリエイターへの継続発注など）では現実的に意識すべきラインです。なお、対象者の規模要件など細部の条件は通達等で具体化される部分もあるため、自社が該当しそうな場合は最新の国税庁資料で再確認してください。

自社の影響を30分で出す ── freeeで免税事業者からの仕入を洗い出す

「自社にどれだけ効くか」は、freee会計の試算表や仕訳から概算できます。考え方の手順は次のとおりです。

対象を絞る。免税事業者など、インボイスを発行しない取引先からの課税仕入れだけが経過措置の対象です。まずは「80%控除（経過措置）」の税区分で計上している仕訳を抽出します。
freee会計で税区分から検索する。「会計帳簿」や「仕訳帳」で税区分を絞り込み、経過措置の税区分が付いた取引を一覧します（税区分名・絞込み画面の名称は最新の画面でご確認ください。仕様は変わる可能性があります）。
取引先ごとに年間額を集計する。1億円ルールは取引先1者ごとの判定なので、取引先（取引先マスタ）別に税込みの年間仕入額を集計しておくと、後段の判定にそのまま使えます。
2つの影響を分けて見る。(a) 控除割合が80%→70%に下がることによる控除減、(b) 1社で年1億円を超える部分があれば、その超過部分が丸ごと控除不可になる影響。この2つは性質が違うので分けて把握します。

ここまでで「経過措置対象の仕入がいくらあるか」「1億円超の取引先があるか」が見えます。

freeeの税区分「80%控除」を「70%控除」へ ── 切替の考え方と落とし穴

実装面で中心になるのが、税区分の切替です。freee会計はインボイス経過措置に対応した税区分を持っており、80%控除用の区分から70%控除用の区分へ、適用期間に合わせて切り替えていく形になります。

注意したいのは、**切替の基準は「いつの取引か」**という点です。控除割合は取引日（課税仕入れの時期）で決まるため、2026年9月30日までの取引は80%、10月1日以後の取引は70%が原則です。決算をまたぐ会社では、同じ事業年度内に80%と70%が混在します。

実務上の落とし穴と進め方は次のとおりです。

取引先マスタのデフォルト税区分を経過措置区分にしている場合、切替時期にデフォルトを更新しないと、10月以降も80%のまま計上され続けます。
自動で仕訳を作るルール（口座連携の自動経理ルールなど）に税区分を固定している場合、そのルールも見直しが必要です。
過去分まで一括で書き換えないこと。あくまで10月1日以後の取引を70%に切り替えるのであって、9月以前の80%計上を遡って直す話ではありません。

具体的な税区分名・設定画面の遷移はバージョンにより異なります。最新のfreee会計の画面と公式ヘルプで税区分名と適用期間を必ず確認したうえで切り替えてください（事務所としても、SaaSのUIは更新が早いため画面の最終確認は欠かしません）。

1億円ルールに該当しうる取引先をどう管理するか

1億円ルールは「気づいたら超えていた」が起こりやすい論点です。期末にまとめて確認するのではなく、期中から取引先別の累計を見える化しておくのが安全です。

対象はインボイスを発行しない（登録を受けていない）取引先に限られる。免税事業者に限らず未登録の課税事業者なども含みます。インボイス登録済みの取引先からの仕入はそもそも経過措置の話ではないため、まず取引先を「登録あり／なし」で区別します。
取引先別・税込みの年間累計を月次で確認する。freeeの取引先別の集計や試算表の補助科目を使い、1者あたりの累計が1億円に近づいていないかを月次でウォッチします。
超えそうな取引先は早めに論点化する。1億円超の部分は控除できず、その分はコスト増になります。発注の配分や、相手にインボイス登録を検討してもらう交渉など、打ち手は超える前に考える方が選択肢が広がります。

免税事業者への通知・契約覚書・価格交渉の進め方

控除割合の引下げや1億円ルールは、最終的に「取引先との関係」に行き着きます。一方的に値下げを求めるのではなく、事実を共有して落としどころを一緒に探る姿勢が、関係を壊さずに進めるコツです。

価格交渉に入る前に、覚書などで取扱いを書面化しておくと後の認識齟齬を防げます。簡単な文例を挙げます（自社の契約・実態に合わせて調整してください）。

本件に係る消費税相当額の取扱いについては、適格請求書等保存方式における仕入税額控除の経過措置の見直し（控除割合の段階的縮小および一定額を超える課税仕入れの取扱い）を踏まえ、令和　年　月以降の取引価格について甲乙協議のうえ定めるものとする。

価格そのものの引下げを求めるかは、独占禁止法・下請法の観点もあり慎重さが要る領域です。進め方として安全なのは、取引条件や税負担の変化を相手に説明して協議すること。逆に、一方的な値下げ通知、取引停止を示唆しての圧力、インボイス登録の強要と受け取られかねない対応は避けます（優越的地位の濫用として独占禁止法・下請法上の問題となりうるため）。「経過措置が縮小したから即値下げ」ではなく、相手にインボイス登録の意向があるか、登録した場合の双方のメリットは何かを確認するところから始めるのが穏当です。

70%への引下げで経常利益はいくら下がるか

最後に、影響を金額に落としてみます。前提を置いた単純化した試算です（税率10%、対象は免税事業者からの課税仕入れ）。

前提： 免税事業者からの課税仕入れ（税抜）が年8,000万円、消費税相当が800万円の会社。

項目	80%控除時	70%控除時
仕入に係る消費税相当	800万円	800万円
うち控除できる額	640万円（80%）	560万円（70%）
控除できない額（コスト化）	160万円	240万円

上の試算は、対象がすべて経費としての仕入を前提とした単純化試算です。控除できない消費税（控除対象外消費税額等）は、税込経理であれば対応する仕入・経費・資産の取得価額等に反映されます。経費分は当期の費用に乗りますが、固定資産や棚卸資産など資産の取得に係る分は取得価額に算入され、繰延消費税額等として影響の出る時期が後ろにずれることがあります（即時に全額が費用化されるとは限りません）。したがって、この例で控除できない額が160万円→240万円へと年80万円増加するインパクトは、仕入・経費中心の会社ほどストレートに当期利益へ効いてくる、と読んでください。

さらに、この会社の仕入が特定の1社に集中していて税込みで1億円を超える部分があれば、その超過部分は控除割合に関係なく全額が控除不可となり、影響はさらに上乗せされます。

なお、本記事は買い手（仕入側）の論点です。免税事業者から課税事業者へ切り替わる側、いわゆる「2割特例」の終了については別記事【2026年10月】インボイス「2割特例」終了、あなたの会社の負担はいくら増える？で扱っています。売り手・買い手の両面で確認すると、取引先との交渉材料が揃います。

この記事の要点

2026年（令和8年）10月からの控除割合は50%ではなく70%。50%は2028年10月から、経過措置の完全廃止は2031年10月以降で、令和8年度改正により2年延長された。
新ルールとして、一の者（免税事業者等）からの課税仕入れ（税込み）が年1億円を超える部分は経過措置の対象外。令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用。
freeeでは経過措置の税区分を取引日基準で80%→70%へ切替。取引先マスタのデフォルト税区分・自動経理ルールの見直し漏れに注意（税区分名・画面は最新版で要確認）。
1億円ルールは取引先別・税込みの年間累計を月次でウォッチし、超える前に発注配分や登録交渉を検討する。
80%→70%の引下げだけでも、免税仕入の消費税相当が800万円なら控除減は年80万円規模。経常利益への影響を金額で把握しておく。
この論点は本則課税の事業者が対象。簡易課税・2割特例・3割特例を適用している場合は、そもそもこの経過措置の論点は生じない。

出典

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